Cardcaptor Sakura: Clear 卡从 Cardcaptor Sakura 结束的时候开始,当时 Sakura Kinomoto 和她的朋友一起开始上初中,包括她刚刚回到 Tomoeda 的新男友 Syaoran。在做了一个关于一个神秘的隐形人物的预言梦后,所有的樱花牌都变成了空白,变得完全无能为力,从而开始了她寻找问题的探索。在这样做的过程中,樱和她的朋友,以及她的监护人和保护者凯罗巴罗和岳,使用新的更强的神秘钥匙和咒语发现并捕捉透明卡片。